gDNA产量——分光光度计不能说明全部结果!

在将DNA用于PCR等酶促分析之前,科学家通常通过260 nm的分光光度法(OD 260值)确定总产量。

DNA片段表明gDNA产量更高

使用硅胶试剂盒(结合-洗涤-洗脱方法)提取的DNA包含大量共同纯化的小片段DNA RNA,如果在纯化过程中没有添加额外的RNA由此产生的OD读数具有误导性,显示的基因组DNA的数量比实际获得的要多。

在所描述的实验中,使用常见的 Silica Kit(供应商 Q)或 EchoLUTION Tissue DNA Micro Kit(每个 4 个样品)从 10 mg 大鼠脑中提取 DNA。光度测定表明,使用 Silica Kit(图)可将 DNA 产量提高 2 倍。然而,如果将相同的样品加载到琼脂糖凝胶上进行分析,很明显硅胶试剂盒的实际 gDNA 含量比 EchoLUTION 试剂盒低几倍。

RNA也有同样的问题

由于RNAOD 260DNAOD260增加了至少 25% 的测量总量,因此可以很容易地解释通过光度法计算并与凝胶分析相比观察到的DNA浓度的巨大差异。
因此,为了比较从硅胶和BioEcho DNA提取试剂盒中获得的DNA制剂的产量,我们建议始终进行凝胶分析或功能分析,例如 qPCR

分光光度计法:使用硅胶结合-洗涤-洗脱试剂盒进行误导性gDNA 定量——使用BioEcho单步技术纠正

 

真的是结合-洗涤-洗脱的最佳产量吗?

由于其非特异性核酸结合方法,Silica试剂盒可纯化任何核酸,包括不需要的DNA小分子和RNA,而EchoLUTION技术仅以高产量提取目标高分子量DNA。如果我们只依靠分光光度法,gDNA产量通常会被高估;下游分析(如 PCR/qPCRNGS)将受到低灵敏度的影响而导致实验失败。

此外,基于二氧化硅的提取物纯度较低,例如,由可能抑制酶促反应的残留小分子引起 - 如果输入的DNA浓度太低,则更是如此!相比之下,EchoLUTION纯化的DNA始终不含抑制剂、污染RNA和小DNA。只有这些OD读数是可靠的,并且代表了真实的DNA浓度和产量!

EchoLUTION去除不需要的小DNARNA

因此,与使用结合-洗涤-洗脱DNA试剂盒相比,EchoLUTION DNA 提取下游的应用往往更加灵敏和可靠。

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